吉林农业大学马克思主义学院的前身是1948年建校之初的马列主义教研室。吉林农业大学建校之初就开始讲授政治理论课程，1955年，成立马列主义基础教研组（校长直接领导），1964年，因文化大革命停课，1972年，政治理论教研室部分恢复上课，1978年恢复长春校址，成立马列主义教研室和共产党思想品德教研室（简称德育教研室），1985年，成立马列主义教研部和德育教研部，1994年，成立人文科学系（马列主义教研部和德育教研部合并为马列主义教研部，隶属人文科学系）。2000年，成立人文政法学院（马列主义教研部隶属人文政法学院），2006年，成立人文学院（马列主义教研部隶属人文学院）。2006年获批马克思主义基本原理和思想政治教育硕士学位点。2008年成立马克思主义学院（同人文学院合属办公），2010年获批马克思主义理论一级学科硕士学位授权点。2011年，马克思主义学院独立建院。2016年，成功获批两个“吉林省社会科学重点领域研究基地”。2018年，成立“习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心”，2018年获批吉林省首批重点马克思主义学院；2019年成立“廉政建设研究中心”